Фильм «Анна Франк. Параллельные истории» разделен на несколько повествовательных линий. Авторы знакомят своих зрителей с историей девочки с трагической судьбой, читая её дневник, ставший одним из самых известных исторических документов, обличающих жестокость нацистов. В своих наблюдениях Анна, мечтавшая обрести карьеру писательницы, рассказывала о преступлениях, совершенных по отношению к миллионам людей со всего мира. Декорациями повествования стала комната в секретном амстердамском убежище, где девочка была вынуждена скрываться, — исторически точная реконструкция интерьера первой половины сороковых годов прошлого века. Параллельно с этим нам рассказывают истории женщин, ставших участницами ужасов Холокоста. Они делятся со зрителями своими переживаниями о самых жутких годах их жизни. Третья линия фильма «Анна Франк. Параллельные истории» повествует о современной молодой девушке, занимающейся исследованием дневника и крупнейшей военной катастрофы XX века, унёсшей за собой жизни миллионов невинных людей. В этой части зрителей проводят по местам недлительной жизни девочки: убежище в Амстердаме, концлагерь и Мемориал во Франции.