Матье Вассер, главный герой фильма «Черный ящик», служит специальным агентом в Бюро расследований и анализа безопасности гражданской авиации. Он состоит в браке с Ноэми, работающей в области аэронавтики. Организация, где работает Матье, отвечает исключительно за расследования редких авиационных происшествий, имеющих трагические последствия с жертвами. Новое задание агента из фильма «Черный ящик» заключается в том, чтобы восстановить детали крушения новейшего дальнемагистрального самолёта European Airlines. Согласно предварительным данным, на борту находились 300 человек пассажиров и 16 членов экипажа. Никому не удалось выжить в результате аварии. Причины катастрофы неизвестны. Вопросов больше, чем ответов. В процессе расследования Матье отстраняется от дела своим начальником. Но когда тот бесследно исчезает, Матье решает вернуться к изучению материалов дела. Он собирается довести расследование до конца, независимо от той цены, что ему придётся заплатить. Собранные улики приведут его к неожиданному сценарию крушения.