Прошло много лет, как о Годзилле не было ничего слышно. Но вдруг он вновь появляется у берегов Японии, уничтожая небольшой рыболовный катер. Японское правительство скрывает от общества единственного оставшегося в живых моряка, чтобы избежать паники и слухов. Но ситуация выходит из-под контроля, как пятидесяти метровое чудовище нападает ядерную подводную лодку. Теперь скрывать правду нет никакого смысла, так как это может быть опасным для всего мира.