Отец Джоша погиб много лет назад, и он не знает всех обстоятельств случившегося. Когда наступает подходящий момент, то герой фильма «Небесный пёс» узнаёт о том, что на самом деле родитель трагически погиб во время исполнения своих служебных обязанностей. Он был оперативным сотрудником ЦРУ и считался одним из лучших. Но, попав в серьёзную переделку, он был жестоко убит опасными преступниками. Узнав правду об отце, Джош выясняет, что его мать и некоторые из её знакомых являются действующими федеральными агентами, работающими в режиме чрезвычайной секретности. Все эти тайны открываются Джошу после того, как его мать пропадает без вести. Агенты ЦРУ обращаются к герою фильма «Небесный пёс» за помощью. Они привлекают его к работе над тайной операцией по выслеживанию преступной группировки, захватившей с помощью бывшего федерального агента биохимическое оружие массового поражения. Разведка как никогда нуждается в новых кадрах, чтобы найти перебежчика до того, как украденное оружие станет распространяться по всему городу. Одновременно с этим Джошу предстоит спасти свою мать.