Человечество тысячелетиями считало себя правителями Земли. Но всё изменилось, когда на поверхности планеты показался огромный монстр. Пробудившись в результате инцидента после длительной спячки, он пошёл в города к людям. Не представляя угрозы и не пытаясь уничтожить цивилизацию, он столкнулся с сопротивлением. Люди предприняли попытку убить его, но у них ничего не получилось. Лишь спустя время им удалось выяснить, что чудовище не желает зла человечеству и стоит на страже у планеты, защищая её от враждебных существ. Действие фильма «Годзилла против Конга» начинается после событий, показанных в первой части. Организация, получившая название «Монарх», продолжает отслеживать передвижение гигантских монстров, живущих на планете. Для этого в научную экспедицию отправляется группа исследователей. Их цель – раскрыть тайну происхождения чудовищ. Отправившись в путь, учёные из фильма «Годзилла против Конга» выясняют, что существуют и другие люди, проявляющие интерес к гигантским монстрам. Но их задачи отнюдь не дружелюбны. Неизвестная организация планирует уничтожить всех чудовищ, живущих на планете, даже если они защищают Землю.