Фильм «Координаты «Цитадель» следует за Эбби Трент, служащей в ЦРУ оперативным агентом. Она по праву считается одним из лучших агентов организации. Но в последнее время её эмоциональное состояние не такое стабильное, как это было раньше. Причиной тому её личная трагедия. Не так давно Эбби потеряла дочку и супруга в результате сильного взрыва, произошедшего в больнице. И сейчас героиня фильма «Координаты «Цитадель» пытается найти способ справиться с душевными терзаниями. История начинает закручиваться в тот момент, когда Эбби отправляют в секретный подземный объект в иорданской пустыне, известный как Цитадель. Здесь ей поручают наблюдать за допросом подозреваемых в терроризме. Однако, когда её вот-вот отзовут в Вашингтон, округ Колумбия, прибывает группа из учреждения с новым заключённым по имени Хэтчет. С этим человеком у Эбби есть общая предыстория, поэтому она также заинтересована в его допросе.