Практически все челны экипажа погибли, включая Дьюка (Ченнинга Таума). Выжили только трое: Роудблок, Флинт и Леди Джей. g.i. joe – элитному подразделению доверили задание: разыскать, и уничтожить секретный склад своего врага, находящийся в пустыне, где они хранят боеприпасы. После фиктивного заявления президента, лагерь врага атаковали и практически уничтожили. Выжить удалось, лишь троим бойцам, которые осознавая безвыходность своего положения, взывают у помощи единственного кому они доверяют. Таковым является командир, в честь которого назвали военное подразделение. Вместе им необходимо установить причины, почему резко изменилось настроение президента их любимого государства за смерть своих товарищей отплатить местью.