Разгар Второй мировой войны. В центре истории фильма «Тень в облаках» оказывается уникальный бомбардировщик В-17, ставший известным как «Летающая крепость». Имея важное стратегическое значение, он занимается доставкой особо ценных грузов. Каждый из таких полётов имеет гриф «секретно». Поэтому в команду корабля выходят только самые опытные и отважные воины. Однажды командиром группы назначают молодую женщину. Это вызывает скепсис у бойцов, прошедших суровую школу выживания. Они готовы подчиниться требованиям руководства и работать под началом девушки, но не верят в её авторитет. Воины уверены, что сначала ей нужно его заработать. Как только группа из фильма «Тень в облаках» поднимается в воздух, навигаторы фиксируют присутствие вражеских кораблей. Ими оказываются японские истребители, собирающиеся сбить бомбардировщик и уничтожить или забрать ценный груз себе. Но в процессе сражения с врагами на борту судно внезапно появляется неизвестное зловещее существо. Женщине-капитану предстоит совершить то, что кажется невозможным – убедить бойцов в своей состоятельности, обрести заслуженный авторитет, отбить атаку, справиться с монстром и сохранить секретность груза.