Действие фильма «Обитель зла: Раккун-Сити» начинает своё развитие в тот момент, когда Клэр знакомится с Лизой, чья судьба наполнена трагическими воспоминаниями с раннего детства. Над Лизой ставили бесчеловечные эксперименты, поэтому её тело изуродовано. Вместе они вынуждены жить в приюте города Раккун-Сити. Уильям Биркин, работающий на корпорацию Umbrella, наблюдает за тем, что происходит в детском доме. Периодически он забирает детей к себе. Но им движет не желание помочь несчастным, а корыстные цели. Уильям забирает их для того, чтобы проводить над ними эксперименты. Лишь Клэр удаётся ускользнуть от него, когда она становится очередной невольной участницей эксперимента. Затем действие фильма «Обитель зла: Раккун-Сити» переносится на годы вперёд. Взрослая Клэр путешествует автостопом. Судьба заводит её в Раккун-Сити. Однако грузовик вместе с ней случайно сбивает женщину, идущую по дороге. Сразу же после этого сбитая внезапно исчезает. От неё остаётся лишь лужа крови. Клэр понимает, что за годы её отсутствия всё стало только хуже. Ей предстоит докопаться до правды, узнав, что же здесь на самом деле происходит.