Действие фильма «Однажды в пустыне» разворачивается в 2016 году. Сирия. В центре истории оказывается военный Шаберов. Ему нравится нести службу. Нравится быть полезным. В искусстве сапёра он видит свой смысл жизни. Сражение за жизнь уже давно стало для него чем-то обыденным. Ему нравится побеждать, ведь победителей не судят. Однажды военный из фильма «Однажды в пустыне» получает задание разминировать захваченную территорию Пальмиры. Это событие, как ему самому кажется, должно стать пиком службы. Наивысшая точка карьеры. Там же ждёт его прекрасная молодая девушка, недавно спасённая им. Шаберов мечтает увидеть её снова. И сердце замирает каждый раз, когда он думает об этом. Но чем ближе он оказывается к древнему городу, тем больше проблем, особенно с молодым капитаном команды. А враг в это время действует всё коварнее, опаснее и жёстче. Но пути назад уже нет. Принципы, риск, любовь, жизнь, смерть соединяются воедино, приводя к непредсказуемым последствиям.