Секретная война снежного барса происходит в 1943 году во время продолжающейся войны на Тихом океане, которая вынудила японскую армию перейти в режим обороны. Тем не менее, японцы начали выполнение другого боевого плана, который включал крупномасштабную атаку и незаконную перевозку оружия через определенный район. Агенты были поставлены задачей остановить эту тайную операцию.