Океан продолжает счет необъяснимым трагедиям: корабли пропадают в неизвестном направлении, и ответов о судьбе экипажей и судов нет. Однако единицы выживших говорят, что предшествовало катастрофе появление загадочного призрачного корабля. Вскоре появляется разрушитель Голем – робот-гигант, уничтожающий кварталы Токио. Голем заявляет о том, что послан с корабля-призрака. Тем временем прямо на глазах у окружающих в городе исчезают люди. Объяснение происходящему только одно: тут не обошлось без связи с призрачным судном. Лишь подросток Хаято начинает докапываться до истины. Бесстрашный юный герой отправляется в опасное приключение. Его цель: узнать все, что скрывает корабль-призрак, а также установить, кем является капитан судна…