Аниме «Никуко из Рыбацкой гавани» следует за главной героиней и её 11-летней дочерью Кикуко, когда пара пытается выжить в тесном плавучем доме в маленьком портовом городке. Никуко, обосновавшись в своём новом доме после серии «романов», состоявших из того, что её партнеры воспользовались её наивностью и добродушием, тем не менее, по-прежнему безжалостно общительна и оптимистична, к большому огорчению Кикуко. Кикуко пытается познавать окружающий мир и саму себя, но в сложившихся условиях это весьма тяжело. Несмотря на это, она продолжает посещать среднюю школу, общается с ровесниками и не забывает про домашние задания. Вскоре Кикуко становится близка с Марией. Довольно быстро им удаётся стать верными подружками. Мария оказывается первой подругой, появившейся у Кикуко в городе. В это же время юная обитательница плавучего дома из аниме «Никуко из Рыбацкой гавани» увлекается тихим мальчиком, любящим корчить смешные выражения лица, когда никто не видит. Тем не менее, раскрытие не очень мирской тайны, сокрытой Никуко от своей дочери, может проверить их отношения на прочность.