Действие аниме «Ковбой Бибоп: Достучаться до небес» разворачивается в далёком будущем альтернативного мира. Остаётся всего несколько дней до празднования Хэллоуина. Внезапно на дорожной трассе происходит сильнейший взрыв грузовика, перевозившего цистерну с неизвестным веществом. Вскоре выясняется, что внутри контейнера содержался смертельный вирус. Правительство планеты обещает огромную сумму за поимку того, кто несёт непосредственную ответственность за произошедшее. В центре истории аниме «Ковбой Бибоп: Достучаться до небес» находится экипаж космического корабля, названного «Bebop». Желая получить внушительный гонорар, они решают начать расследование инцидента. Поначалу дело кажется им обычным, но постепенно герои осознают, что всё значительно сложнее и запутаннее. Чем дольше затягивается расследование, тем больше появляется желающих получить куш. Вскоре удаётся выяснить имя предполагаемого преступника. Им оказывается некий Винсент. Правительство сразу же отправляет секретного агента, чтобы ликвидировать его. Охота на человека без будущего и прошлого обостряется. В итоге судьба всей планеты ложится на экипаж корабля «Bebop».