Группа Сора-Нин из Страны Неба внезапно нападает на родину Наруто – Коноху. Причиной этого нападения является то, что Коноха за последние мировые войны Шиноби стерла с лица Земли почти всю Страну Неба.Сора-Нин своими налетами вызвали у местного населения панику, и в Конохе воцарился хаос. В арсенале воздушных ниндзя есть крылато-механические устройства, предназначенные для бомбардировки. В это же время некий мальчик приходит в Коноху за помощью. Он сообщает, что его деревня подверглась таким же жестоким нападениям, а сюда он прибыл, чтобы отыскать своего Учителя, который в это время находится в Конохе. Мальчик просит помощи у местных жителей в надежде на то, что среди них найдутся отважные смельчаки, способные спасти его родную деревню.