События разворачиваются в недалеком будущем. В 2029 году компьютеры и сети получили такое развитие, что возникли высокотехничные киборги, которых интегрировали в Сеть. Киборг Мотоко Кусанаги является главной героиней фильма. Она обладает человеческим разумом скрытым внутри кибернетического тела и служит майором в Девятом отделе, который был создан для проведения правительственных спецопераций. В Сети появился некий Кукловод, который манипулирует людьми при помощи этой же Сети и заставляет их действовать в его интересах. На его поимку направляется Девятый отдел. Но все оказывается намного сложнее, чем предполагалось. Кукловод представляет собой разумного вируса, которого разработали коллеги из шестого отдела. Он должен заниматься промышленным шпионажем. Так дело оказывается связанным с политикой…