Сюжет мультсериала «Истребители насекомых» развивается в альтернативном Эдо. Ситуация здесь ложилась таким образом, что на город постоянно нападают огромные по своим размерам насекомые, мешающие нормально жить простым людям. Местные жители, не имея никаких возможностей для отражения атак насекомых, уже смирились с тем, что каждый день несут потери. Власти, понимая всю сложность ситуации, решают, что пришло время серьезно разобраться с происходящим. Для этого они собирают отряд из лучших специалистов своего дела. В команду входят настоящий мастер по взрывным механизмам, убийца, способный кромсать своим мечом все, что только попадается ему на пути, молчаливый таинственный воин и неопытный, но талантливый маг. Собравшись, они дают отпор захватчикам. В центре сюжета мультсериала «Истребители насекомых» оказывается шестнадцатилетний Тсукишима, отправившийся в Эдо для того, чтобы стать одним из членов отряда. Он решил превзойти своего отца и встать на защиту тех, кто не может за себя постоять. В первую день нахождения в городе ему удается спасти девушку и показать свои таланты отряду истребителей.