Действие аниме «Годзилла: Сингулярность» разворачивается в недалёком будущем альтернативного мира. Талантливый инженер, работающий в одном из местных магазинов, оказывается в доме, чья архитектура довольно сильно отличается от местных строений. Долгое время здание считалось заброшенным, но так только казалось. Мэй Камино — юная аспирантка, занимающаяся изучением существ, считающихся плодом воображения. Однако она уверена, что монстры действительно существуют и могут как угрожать нашей планете, так и быть её защитниками. Она активно исследует загадочные сигналы, не имеющие понятного источника. Двое незнакомцев из аниме «Годзилла: Сингулярность», несмотря на свои разные взгляды на жизнь, внезапно слышат одну и ту же песню. И вскоре серия случайных событий заставляет их объединить свои силы для того, чтобы стать участниками битвы, чей масштаб распространится на весь мир. Смогут ли они спасти нашу планету от уничтожения?