Альтернативный вир. Недалёкое будущее. Лос-Анджелес. В этом времени андроиды живут рядом с людьми. Внешне они ничем не отличаются от окружающих, но каждый из них имеет нечеловеческие способности, а длительность их жизни сильно ограничена. Действие аниме «Бегущий по лезвию: Чёрный лотос» начинает своё развитие в тот момент, когда неизвестная девушка приходит в себя. Она пытается вспомнить, кем является и что здесь делает, но вскоре приходит к выводу, что у неё амнезия. И теперь ей предстоит выяснить своё прошлое. В своих поисках героиня аниме «Бегущий по лезвию: Чёрный лотос» обнаруживает, что имеет смертоносные навыки. Благодаря им она может противостоять любому врагу. А ещё у неё есть татуировка, напоминающая чёрный лотос. Возможно, это важный знак для установления своей личности. Поиски истины заводят героиню слишком далеко. Ей предстоит узнать немало горькой правды о себе, окружающем мире и тех, чьи поступки привели к её амнезии. И когда она докопается до самой сути вещей, её жизнь больше не будет прежней. Но закончится ли на этом серия её поисков?