Действие аниме «Ниер: Автомата - Версия 1.1а» начинает своё развитие в тот момент, когда солдат-андроид с серийным номером YoRHa 2B получает задание отправиться в путь с миссией по разрушению формы жизни класса Голиаф, представляющей собой Машину. В пути андроид сталкивается с серией испытаний, когда их отряд оказывается под вражеским огнём. В результате вся команда погибает. YoRHa 2B оказывается единственной выжившей. Андроиду из мультсериала приходится остановиться на заброшенной фабрике. Там она вынуждена пробиваться через множество механизмов, прежде чем встретить 9S, ещё одного андроида, чья специализация заключается в радиоэлектронной борьбе и разведке. Вдвоём герои аниме «Ниер: Автомата - Версия 1.1а» исследуют эту фабрику, надеясь найти Голиафа. Вскоре он действительно появляется, но за несколько мгновений становится огромной Машиной высотой со здание. Андроиды пытаются взломать Машину, но один из них получает серию серьёзных повреждений. Цепочка этих событий приводит к тому, что YoRHa 2B обнаруживает в банках своей памяти воспоминания о своей прошлой жизни.