Красный Череп скоро должен умереть по причине несовершенства сыворотки «Супер-солдат». Поэтому он вынужден объединить свои силы с МОДОКом для похищения Капитана Америки. У Черепа появляется способность передавать свои мысли и разум в чужие тела. После победы над ним Мстителей, он облачается в броню Железного человека, заставив таким образом Тони умереть.В сериале воссоединится самая популярная команда супергероев, состоящая из Железного Человека, Халка, Капитана Америки, Тора, Соколиного Глаа, Черной Вдовы и новичка Сокола. За всю историю анимации такая команда соберется в первый раз. Под руководством Железного Человека, герои будут тренироваться и жить вместе в новой штаб-квартире, расположенной в Башне Мстителей. У самых опасных злодеев планеты не остается ни единого шанса, когда речь касается Мстителей.