Действие сериала «Y: Последний мужчина» начинает своё развитие в тот момент, когда серия странных и необъяснимых событий приводит к резкому вымиранию всех носителей Y-хромосомы. Это происходит по всей планете. Общество погружается в хаос. Цивилизация рушится на глазах. Становится понятно, что мир уже никогда не будет таким, как прежде. Когда кажется, что в мире больше не существует мужчин, внезапно выясняется, что одному всё же удалось выжить. Им оказывается парень по имени Йорик, заботящийся о своём ручном капуцине. Но почему именно ему удалось выжить? А ведь на самый первый взгляд в нём нет ничего необычного. В это время женщины из сериала «Y: Последний мужчина» пытаются приспособиться к новой жизни. Они собираются строить новое общество. Несмотря на все эти события, главный герой сериала решает отправиться к матери, служащей сенатором в Вашингтоне. А сразу же после этого у Йорика в планах отправиться на поиски своей подружки Бэт в Австралию.