Сериал «Школьные духи» сосредотачивается вокруг старшеклассницы по имени Мэдди. Серия событий, кажущихся почти мистическими, приводит к тому, что главная героиня оказывается в самом центре мрачной тайны. Пытаясь разгадать её, она подбирается слишком близко. И в итоге это приводит к трагедии, когда неизвестный убивает Мэдди. Несмотря на собственную гибель, Мэдди всё же приходит в себя. Но как это возможно? Пытаясь разобраться с этими странными обстоятельствами, героиня сериала «Школьные духи» застревает между учёбой в старшей школе и загробной жизнью. Каждый день Мэдди расследует собственную смерть, пытаясь восстановить картину произошедшего и найти убийцу. Но подозреваемых слишком много. Кто бы это мог быть? Её возлюбленный или учитель? Или, может быть, кто другой, с кем она не знакома? Вариантов очень много. Героиня отправляется в путешествие по раскрытию преступлений, а окружающие её духи помогают ей приспособиться к школьному чистилищу через группу поддержки загробной жизни, состоящую из всех тех, кто умер на территории школы. Но чем ближе она подходит к раскрытию правды, тем больше тайн и лжи она раскрывает как в своем исчезновении, так и в прошлом других духов.