Двадцать шесть лет спустя, Джонс опять сталкивается с той же реликвией, снова пытается ее украсть, но сейчас это не увенчалось успехом, и он был выброшен за борт корабля, который вскоре взорвался. Ошеломленный происходящим, Индиана, все же, оставляет затею с поисками украшения и полностью переключается на дневник собственного отца, который был отправлен ему из Венеции.Генри Джонс-старший всю жизнь искал таинственную чашу, которая названа Святым Граалем – это тот самый сосуд из которого пил сам Иисус Христос и в котором позже была собрана его кровь. Именно с этого момента пути Инди и археолога, у которого он все время пытается что-то украсть, пересекаются. Джонс идет по следам, указанными родителем, а исследователя нанимает бизнесмен Донован, который нашел плиту, гласящую о том, что Грааль существует, и искать его надо в определенном месте…