Действие фильма «Христос под следствием» происходит в 1980 году. В центре истории оказывается Ли Стробель, репортёр-расследователь газеты «Чикаго Трибьюн». Он только что рассказал большую историю о взорвавшемся Форде Пинто. Его карьера идёт вверх, но дома есть проблемы. Жена Ли Лесли отказалась от их общего атеизма и начала ходить в церковь с медсестрой, спасшей их маленькую дочь от удушья в ресторане. Ли возмущается её экскурсом в религию, настаивая на том, что она просто заблуждается. Желая доказать ей, что Библия полна выдуманных историй, он использует свои исследовательские навыки, чтобы изучить самую важную из всех библейских историй: Воскресение. В ходе своего расследования главный герой фильма «Христос под следствием» исследует правдивость библейских повествований и беседует с психологом о том, могли ли 500 очевидцев обмануть себя, заставив поверить, что они видели, как Иисус ходил после его смерти. Предполагая, что Христос мог либо инсценировать свою смерть, либо его приняли за мёртвого, когда его сняли с креста, Ли встречается с медицинским экспертом. То, что он получает, — это ошеломляющий взгляд на то, что современная медицинская наука может рассказать нам об обстоятельствах смерти Христа, а также о том, что они означают.