История фильма «Три тысячи лет желаний» начинается с того, что Алитея Бинни, занимающаяся нарратологией и переживающая трудности развода, отправляется на конференцию в Стамбул. Она даже и не представляет себе, что эта поездка станет для неё судьбоносной. Когда героиня фильма «Три тысячи лет желаний» покупает маленькую бутылочку в антикварном магазине и чистит её в своём гостиничном номере, она случайно освобождает древнего джинна. Как только он появляется, то сразу же заявляет, что хочет исполнить три её желания. Несмотря на такую возможность, Алитея вежливо отказывается. В конце концов, она слишком хорошо знает, что желания никогда не заканчиваются хорошо в историях и мифах, ведь она профессионально занимается их изучением уже много лет. Она также утверждает, что совершенно счастлива сейчас. Согласно старинным волшебным условиям, Джинн может быть свободен только в том случае, если выполнит 3 желания. И поэтому он будет ждать до конца. В итоге джинн рассказывает Алитее свою собственную 3000-летнюю историю, чтобы показать ей, что желания и стремления дремлют в каждом сердце, даже в её собственном...