В мире существует немало живописных лесов. Все они хранят много тайн. Но среди них есть особенный лес. Именно здесь живут уникальные создания, способные поразить своим умом. Действие аниме «Покемон-фильм: Секреты джунглей» начинается в тот момент, когда на берегу реки рядом с лесом появляется новорождённый ребёнок. Судьбой ему суждено трагически погибнуть. Но внезапно его обнаруживает легендарный покемон. Не в силах оставить мальчика одного, он берёт его с собой, давая ему имя и обещая воспитывать как своего сына. Из-за этого ему приходится покинуть свой клан. Но теперь он может посещать необыкновенное дерево, где другим запрещено появляться. Здесь он может растить ребёнка. Проходит 10 лет. Кетчум и Пикачу приезжают в лесной массив из города. Пытаясь поймать нового дикого покемона, они узнают, что здесь происходят странные вещи. Одновременно с этим за героями из аниме «Покемон-фильм: Секреты джунглей» следуют их давние неприятели. Вскоре им всем предстоит узнать нечто невообразимое. И когда это произойдёт, они иначе взглянут на дом для покемонов.