Неунывающий Скуби-Ду и его друзья снова пускаются в приключения. Однако на этот раз их планы меняются в самом начале пути: автомобиль попадает в аварию неподалеку от станции, фиксирующей космические сигналы. И все из-за того, что они отвлеклись на нечто, похожее на летающую тарелку, и врезались в кактус. Пообщавшись с местными жителями, друзья запутываются еще больше. Так, пустыня, в которой они оказались, не самое любимое место для прогулок, а рассказы о людях, которые были похищены инопланетянами, давно стали местной достопримечательностью. Теперь друзьям предстоит узнать, что на самом деле происходит за высокими стенами секретных объектов.