В середине девятнадцатого века случился самый первый контакт с инопланетянами – в Японию прибыли чёрные корабли пришельцев Аманто. Они преследуют цель захвата Земли. Против технологий будущего самурайские мечи и ружья асигару оказались бесполезны, поэтому сёгунату пришлось подчиниться власти Аманту. Только патриотически-настроенная группировка Дзёи решила сопротивляться власти захватчиков; когда-то эта группировка была главной в национальном движении, но теперь она стала террористической организацией, членов которой яростно преследуют Синсэнгуми и Сёгунат. Один из бывших лидеров Дзёи, Гинтоки Саката, сейчас просто мастер на все руки, отправился в новый Эдо, чтобы нйти там стабильный заработок. Однако нынешние лидеры группировки не простили Гинтоки то, что он покинул их. Вместе со своими спутниками Кагурой и Симпати Симурой он постоянно попадает в различные опасные ситуации.