Основная идея остается неизменной на протяжении всей первой половины мультфильма: нам снова показывают вариацию на тему маленьких талантливых сирот, попавших под дурное влияние, но в итоге спасённых благодаря выстраданным Наруто жизненным принципам. Одиночество и величайшая важность близких, дорогих людей, сила, дарованная для их защиты — это красная нить, пронизывающая весь сериал, и она же связывает второй фильм, вписывая его в общую картину. Сюжет вращается вокруг неизвестных завоевателей из-за моря, которые вторгаются в Страну Ветра в поисках таинственного Камня Гелеля. И, как всегда, Наруто и его друзьям невероятно повезло оказаться в самом эпицентре событий, причем без поддержки со стороны деревни.