Сюжет нового сериала является продолжением прошлых полнометражных фильмов про Черепашек. Некоторые факты в сериале, как – порезанное ухо Сплинтера, проживание Черепашек в заброшенной станции метро – являются ссылками на то, что сюжетная линия нового сериала только продолжает сюжет прошлых фильмов.Здесь у Черепашек, кроме Шредера, появляются новые враги. Также в качестве бонуса к сериалу предлагается посмотреть две серии «Могучие Рейнджеры в космосе», где в качестве гостей сериала выступили Черепашки ниндзя.