Четверо братьев-черепах - Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло, долгие годы проживавшие в тайне в канализациях Нью-Йорка, решают наконец выйти на поверхность и попробовать жить обычной жизнью как подростки. Они обучались ниндзюцу у своего учителя-костра и теперь готовы использовать свои навыки для защиты города от преступности. На поверхности они случайно знакомятся с Эйприл О\'Нил - молодой и амбициозной журналисткой, которая работает на местной новостной станции. Эйприл узнает о таинственных героях, спасающих город от преступников, и решает разоблачить эту историю. Однако она не подозревает, что эти герои - именно те четверо братьев-черепах. Постепенно, Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло становятся близкими друзьями с Эйприл, и она обещает сохранить их секрет. Вместе они начинают сражаться с преступностью в городе, раскрывая криминальные схемы и пытаясь разгадать загадку мутантов, которые внезапно начали появляться в городе. Оказывается, за всеми этими мутациями стоит зловещий преступный синдикат, пытающийся захватить контроль над городом. Мутанты - их продукт, и они используют их как своих наёмников. Четверка братьев-черепах и Эйприл должны объединить свои усилия, чтобы остановить эту угрозу и защитить город.