Эта история расскажет об удивительной дружбе двух пятилетних детей – мальчика Сооске и рыбке Поньо, дочери морской богини и колдуна. Сооске вместе с мамой живёт в домике на утёсе с красивым видом на море. Отец мальчика очень редко бывает дома, ведь он – капитан рыболовецкого судна. Маленькая рыбка Поньо вместе со своими сестрами живёт на дне океана, в доме морского колдуна. Любопытство движет Поньо, и она решает уплыть из дома, чтобы немного понаблюдать за тем, как живут люди. Но она случайно попадает в стеклянную банку, и её выбрасывает на берег. Там рыбку находит Сооске. Очень скоро девочка начинает испытывать к мальчику тёплые чувства, и теперь она мечтает лишь об одном – стать человеком, чтобы быть вместе с ним…