В таком случае, черепашки из 2003 года идут на помощь своим собратьям. Как выясняется, через портал на Технодроме они очутились в измерении Черепах 2003. Желая отомстить, Хан решается на убийство Черепашек, но похитив Сплинтера и разрушив убежища, восьмерых черепашек он выпускает из виду, тем временем они успевают переместиться во Вселенную Черепашек 1987 года. Крэнгу и Шреддеру тем временем становится известно о том, что Вселенная параллельна и приглашают Шреддера-Утрома Ч`Релла. Он пытаясь исправить ситуацию все берет в свои руки: разыскивает Карай, создает новое тело, усовершенствует Технодром, порабощает Крэнга и Шреддера. Пока черепашки странствовали по Вселенной, Шредеру удалось ликвидировать Вселенную мультсериала 2003. Но на этом он не останавливается, его планы намного масштабнее.