Живописные берега Кубы хоть и привлекают внимание многих туристов, всё же не отличаются спокойствием и тишиной. Нередко здесь происходит нечто необычное и требующее научного исследования. Действие мультфильма «Белка и Стрелка: Карибская тайна» начинается в тот момент, когда рядом с Кубой фиксируется странная и нетипичная аномалия – гигантский смерч, находящийся над водой и быстрыми темпами осушающий океан. Узнав об этом, советское командование принимает решение помочь братскому народу. Вскоре после этого снаряжается специальная экспедиция, состоящая из Белки и Стрелки. Отважные животные должны отправиться к островам для того, чтобы провести разведывательную и исследовательскую миссию. Когда герои оказываются на месте, то сразу же поражаются красотами Кубы. Окутанный загадками подводный мир и гладь океана встречают их как своих близких друзей. Однако четвероногих исследователей из мультфильма «Белка и Стрелка: Карибская тайна» ждут по-настоящему опасные путешествия. В этом приключении они не только разгадают аномалию, но и испытают свою дружбу.