Действие анимационного фильма «Человек-паук: Через вселенные 2» начинается в тот момент, когда Питер Паркер трагически умирает. Но его альтер эго продолжает жить. После гибели Паркера его силы передаются Майлзу Моралесу, молодому парню, имеющему в себе огромный потенциал, хоть сам он об этом даже не догадывается. Постепенно Моралес открывает в себе невероятную силу. Он следует словам дяди Питера Паркера, сказавшего однажды, что великая сила приносит огромную ответственность. Понимая это, Моралес хочет спасти мир. Научившись контролировать свои силы, главный герой мультфильма «Человек-паук: Через вселенные 2» объединяется с Гвен Стейси, получившей похожие паучьи способности, чтобы отправиться в удивительное приключение по мультивселенной. Путешествие Моралеса принимает неожиданный поворот, когда он встречает альтернативные версии самого себя. Он объединяется с несколькими из них, чтобы дать отпор могущественному злодею.