«Агу: Гениальные куклы» - это холодящая душу история о тайных исчезновениях гениев среди успешных членов общества. Главной героиней является девушка по имени Аи, которая профессионально занимается балетом и грёзит стать примой. В балетном классе Аи знакомится с Мачи и после длительных совместных тренировок они становятся лучшими подругами. Её подруга Мачи достигает высот, а её гениальному таланту завидует практически каждый, Аи остается лишь днями работать над собой, но к счастью, это не мешает их дружбе. Однажды Аи узнаёт секрет успеха подруги: оказывается, у Мачи есть Агу — существо, которое вшивают портные, наделяющие своего владельца невообразимым талантом. Мачи решает поделиться одним из своих Агу с лучшей подругой, однако, из-за значительного круговорота событий девушки становятся по разные стороны. Мачи, выбирает Портных, создающих Агу, а Аи решает присоединиться к Спасителям, тем, кто освобождает Агу. К чему приведет их противостояние?