Японская территория регулярно подвергается сильнейшим природным катаклизмам. Несмотря на это, стране всегда удаётся восстанавливаться и находить способы минимизировать потери. Но всё меняется после того, как заканчивается Токийская Олимпиада. Действие аниме «Затопление Японии 2020» начинается в тот момент, когда в первой серии страну охватывает серия сильнейших землетрясений. В центре истории находятся брат и сестра, осознающие, что это может быть только началом. С ужасом родственники понимают, что вскоре сейсмическая активность способна повториться, но на этот раз вся столица страны будет разрушена. Желая спастись, они собирают всех самых близких людей и убегают из города. Персонажи мультсериала пытаются найти прибежище на одном из островов, но внезапно он начинает уходить под воду. Находящиеся в экстремальных условиях, главные герои аниме «Затопление Японии 2020» сталкиваются с собственными страхами. Видя смерть и борьбу за выживание, они должны пройти сложный и опасный путь, чтобы спасти тех, кто им по-настоящему дорог. Каждый из них по-разному смотрит на происходящее, но общее горе помогает им скрепить родственные узы ради достижения общей цели.