Действие происходит в несколько измененном будущем, где значительное повышение уровня мирового океана утопило значительную часть человеческой цивилизации. Икаруга Нацуки — главный герой этой истории. Несколько лет назад он потерял свою мать в несчастном случае и лишился ноги. Единственным наследством, оставшимся у него от бабушки-океанолога, стали огромные долги и подводная лодка. Чтобы расплатиться с долгами, Нацуки решает отправиться на поиски затонувших руин лаборатории, где работала его бабушка. По слухам, там спрятаны невиданные сокровища. Вместо ожидаемого богатства он обнаруживает странную девушку, спящую в гробу на самом дне моря. Её имя — Атри, и оказывается, что она робот. Атри обещает помочь Нацуки до тех пор, пока он не выполнит её последний приказ, в обмен на своё спасение.