Эта история рассказывает о четырёх черепашках-мутантах, ставших изгоями из-за воздействия радиоактивной слизи. Они были обречены на гибель, но, к счастью, их нашёл крыс-мутант по имени Сплинтер, который забрал малышей к себе и воспитал их как родных сыновей. Сплинтер обучил черепашек искусству ниндзя, превратив их в бесстрашных воинов, способных защитить свой город от зла. На протяжении многих лет черепашки скрывались в тени, помогая городу и сражаясь с различными врагами, несмотря на то, что никто из жителей не подозревал об их существовании. Но всё изменилось после последней битвы, в которой команда потеряла многих близких друзей. Хотя битва закончилась победой, лица черепашек впервые увидели горожане. К удивлению мутантов, их приняли с теплотой и благодарностью, и новость о том, что город находится под их защитой, быстро разлетелась по всем телеканалам. Однако впереди их ждёт новое, ещё более серьёзное испытание. Роботы, намеревающиеся захватить город, стали новой угрозой. Без поддержки друзей справляться с таким мощным врагом будет сложнее, чем они могли себе представить. Черепашкам предстоит ещё раз доказать свою силу и сплочённость, чтобы защитить свой дом и сохранить мир в городе.