Сюжет биографического сериала «Хубилай хан» охватывает несколько десятилетий напряженной жизни и повествует о событиях, которые привели к созданию могущественной династии Юань. Сразу же после смерти самого Чингисхана в борьбу за влияние, авторитет и власть вступают его родные сыновья Угедей и Тулуй. Несмотря на то, что ханом удается стать Угедею, его возлюбленную Торегин никак не покидает печаль и тревога. Ведь она прекрасно помнит о том, что Чингисхан выделял среди своих внуков Кобылая, родного сына Тулуя. Усиливается напряжение. Торегин понимает, что нужно как-то защитить своего супруга. Она решает отравить брата мужа. Ведь только так, как ей кажется, можно сделать своего возлюбленного полным правителем. Но на этом события не заканчиваются. Она пытается устранить людей, которые жаждут отмщения. Среди них оказываются и сыновья погибшего. И чтобы убрать их со своей дороги, жена правителя обвиняет их в организации восстания. Клану удается спастись. И теперь им предстоит непростая борьба и великие свержения.