Действие сериала «Чёрные воды» разворачивается в вымышленной деревне Свартваттнет в Ямтланде. История начинает своё развитие в 70-х годах прошлого века, постепенно переходя к 80-м и 90-м годам. Основной героиней становится идеалистка по имени Энни. Имея свой взгляд на жизнь и сохраняя оптимизм, она переезжает жить в поселение на живописной горе, называющееся Зелёной волной. Здесь Энни надеется найти необходимый ей покой. Но у судьбы на неё другие планы. Несмотря на попытки наладить тихую жизнь, Энни вовлекается в серию драматических событий и становится свидетельницей убийства. Всё это шокирует и меняет её. Проходят годы. Энни всё ещё живёт с этими жуткими воспоминаниями. Она всеми силами пытается отделать от них, но у неё это не получается. Однажды события тех дней вновь напоминают о себе. Но на этот раз всё будет ещё хуже. Героине сериала «Чёрные воды» в очередной раз предстоит посмотреть своим страхам прямо в глаза. Сможет ли она справиться с этой ситуацией?