В центре внимания сюжета сериала Морская полиция: Спецотдел смотреть оказывается глава спецподразделения ВМФ США агент Гиббс и его коллеги. Среди них бывший полицейский детектив Диноццо, судмедэксперт Эбби, секретный агент МакГи. Они занимаются расследованием преступлений, совершенных служащими военного флота. Дела бывают разные, иногда довольно специфические. Когда кто-то из военных морских офицеров попадает под подозрение нужно действовать очень аккуратно, чтобы не навредить его репутации, если вдруг окажется, что человек невиновен.