Возгорание началось в пекарне, принадлежащей Томасу Фарринеру, находящейся на улице Паддинг-лейн, после полуночи. Пожар стал распространяться очень быстро по сити в направлении запада. В те времена пожарные разрушали здания вокруг возгорания, чтобы не распространялся огонь. Этот метод не был использован лишь потому, что мэр города, Томас Бладворт, не считал эти меры оправданными. Когда он все-таки дал приказ разрушать дома, было очень поздно. 3 сентября пожар распространился на север, в центральный район Лондона. 4 сентября огонь охватил большую часть столицы Англии. Потушить пожар, как считают многие, удалось лишь потому, что восточный ветер стих. Гарнизон Тауэра, используя порох, смог сделать противопожарные разрывы между домами для того, чтобы огонь не распространялся на восток.