Шел 2013 год. Правление всего мира не стало. Все индустриальные корпорации ведут борьбу за новые технологии. Джонни 2000 – это копия изобретателя по имени Джон Далтон, который его и создал. Он разрабатывал, по приказу корпорации под названием «Азимут», новую технологию клонирования. Но Джону удается бежать. Так как он категорически против любых экспериментов над людьми. Все клоны человека, через некоторое время после создания, отторгают код ДНК и погибают. Именно Далтон создал программу, которая способна исправить этот недочет.