Начиная с 1985 года, он был арестован властями за то, что они подозревали его в поддержке КНДР. С такими же обвинениями были задержаны многие активисты демократического движения, которые выступали против военной диктатуры, установленной президентом Чон Духвана. Ким Чжонтхэ пытали на протяжении 22 дней. Он отметил это потом на суде, но никто его показания не принял во внимание и только через несколько лет они получили признание.