Центральным персонажем сериала «Шпион» оказывается Андрей, работающий аналитиком в ФСБ, помогая бороться с коррупцией и организованной преступностью. Несмотря на то, что у него талант к аналитической работе и за время своей работы он добился внушительных успехов в своём отделе, вскоре Андрей планирует отойти от всего этого, выйдя на пенсию. Главный герой сериала «Шпион» хочет проводить больше времени со своей супругой, повзрослевшей дочкой и собакой. Но внезапно на него выходит Донован, когда-то работавший в ЦРУ. Выясняется, что почти четверть века назад он намеренно внедрил Андрея для работы в организации, а сейчас пришло время заплатить по счетам. Но за это время работа и страна стали для Андрея новым домом, а прошлое для него уже ничего не значит. У него нет планов предавать своих новых товарищей, семью и Родину. Но Донован начинает шантажировать его. Тогда Андрей решает использовать свои способности, чтобы разыграть серию неожиданных событий и обмануть шантажиста.