Сюжет фильма разворачивается в начале 1940-го года прошлого века, во время Второй мировой войны, которая поставила перед всем человечеством большое количество моральных проблем. Таких как, проблема выбора между добром и злом, совестью и преступлением, честью и предательством моральных качеств. Именно данные проблемы будут представлены в сериале «Манхэттен», который основан на реальных событиях. Как мы знаем, во время Второй мировой войны одновременно в нескольких странах разгорелась большая гонка создания ядерного оружия. В Соединенных Штатах Америки данный проект получил название «Проект Манхэттен». Во время воплощения этого проекта ученые работали в пустыне Нью-Мексико, в городке Лос-Аламос. Возглавлял непростую и очень ответственную работу всей секретной лаборатории профессор по имени Фрэнк Уинтер (Джон Бенджамин Хикки). Однако ученые не знали, над чем именно они трудятся. Высокие моральные качества зачастую не сходились с требованиями руководства создать оружие, которое будет поражать абсолютно все. Плюс ко всему, ученым необходимо скрывать всю свою работу от своих семей. И это добавляет драматизма в сериал Манхэттен.